Molekula DNA má primárnu, sekundárnu a terciárnu štruktúru.
Primárna štruktúra DNA
Primárna štruktúra DNA je daná počtom a poradím nukleotidov (sekvenciou nukleotidov), ktoré sú v polynukleotidovom reťazci pospájané 3',5'-fosfodiesterovou väzbou. Relatívna molekulová hmotnosť takejto makromolekuly je rádovo až 109 Da, čo predstavuje asi 200 tisíc stavebných jednotiek.
Primárna štruktúra DNA určuje poradie aminokyselín v bielkovinách. Sekvencia nukleotidov, ktorá obsahuje informáciu pre syntézu určitého produktu (najčastejšie funkčnej bielkoviny), sa nazýva gén. Gén je základnou jednotkou dedičnosti. Zdedená porucha v sekvencii nukleotidov, teda porucha primárnej štruktúry DNA, spôsobuje genetické ochorenia.
Sekundárna štruktúra DNA
Molekulu DNA tvoria dva polynukleotidové reťazce ležiace tesne nad sebou, pričom oproti A (adenínu) jedného vlákna sa vždy nachádza T (tymín) na druhom vlákne a oproti C (cytozínu) sa vždy nachádza G (guanín). Toto párovanie sa označuje ako komplementarita dusíkatých báz. Umožňuje tvorbu presnej kópie molekuly DNA a zabezpečuje kontinuitu života.
Dva protiľahlé reťazce DNA sa párujú pomocou vodíkových mostíkov. Medzi A - T sú 2 vodíkové mostíky a medzi C - G sú 3 vodíkové mostíky. Počet vodíkových mostíkov určuje silu väzby, ktorá má význam pre deje súvisiace s metabolizmom DNA (napr. v oblastiach bohatých na A - T dochádza ľahšie k rozpletaniu reťazcov pri začiatku replikácie DNA).
V roku 1963 navrhli Watson a Crick priestorový model DNA, ktorým je vyjadrená jej sekundárna štruktúra. Tvoria ju dva polynukleotidové reťazce, ktoré sú antiparalelne spletené do pravotočivej dvojzávitnice - dvojitý α - helix.
Terciárna štruktúra DNA
Terciárna štruktúra DNA vzniká stočením dvojzávitnice v priestore do tzv. superhelixu. Takto zvinutá DNA sa nazýva superšpiralizovaná DNA.